松鼠个体毛色差异较大，为青灰色、灰色、褐灰色、深灰色和黑褐色等等。随着地区的差异，毛色也有变化，如辽宁松鼠的颜色偏灰，而中国南方的松鼠颜色则较黑。此外，毛色还受季节的影响，冬毛灰或灰褐色，夏毛黑或黑褐色。