蒲公英抗病力强，很少发生病害。感染病菌大部分是由于地下害虫咬伤根部引起感染所致。蒲公英根系为肉质直根系，地下害虫危害较为严重。地下害虫主要有蝼蛄、地老虎等，防治方法是在种植蒲公英的地块提前一年秋翻晒土及冬灌，可杀灭虫卵、幼虫及部分越冬蛹；也可用糖醋液、马粪和灯光诱虫，清晨集中捕杀；将豆饼或麦麸5kg炒香，或用秕谷5kg煮熟晾至半干，再用90%晶体敌百虫150g对水将毒饵拌潮，亩用毒饵1.5-2.5kg，撒在地里或苗床上；地下害虫为害严重时可用5%辛硫磷颗粒剂1-1.5kg与15-30kg细土混匀后撒入地面并耕耙，或于定植前沟施毒土。以人药为目的栽培时不使用化学药剂杀虫。